Památník byl jako Památník Národního osvobození vystavěn v letech 1929–1938 k poctě československých legionářů; znovu byl upravován a doplňován po skončení 2. světové války, protože bylo nutné připomenout druhý protifašistický odboj. Po roce 1948 začal sloužit státní ideologii a k propagaci režimu. Byli zde pohřbeni významní představitelé Komunistické strany Československa. V roce 1953 zde bylo zřízeno Mauzoleum Klementa Gottwalda. Památník postupně začal upadat do zapomnění. Po roce 1989 byli všichni pohřbení odsud odvezeni, ale dlouho se hledalo konkrétní využití.

V roce 2001 se Národní památník na Vítkově stal součástí vládního usnesení o rehabilitaci a rekonstrukci některých památek spjatých s československými dějinami 20. století. Dostal se do správy Národního muzea, které začalo připravovat jeho rekonstrukci a rehabilitaci.

Po více než dvouleté rekonstukci je památník od 29. 10. 2009 otevřen veřejnosti.