Klášter sv. Anežky České založila přemyslovská princezna Anežka, sestra krále Václava I., zřejmě roku 1231 jako první klášter klarisek severně od Alp. Jde o první gotickou stavbu v Praze. Areál se původně skládal z většího kláštera klarisek a méně významného kláštera menších bratří, který později zanikl. Klášter byl ve své době významným duchovním centrem ovlivňujícím dějiny našeho národa, ale také přemyslovským pohřebištěm. Po smrti jeho zakladatelky však skončila doba rozkvětu a význam kláštera postupně upadal.

Krátce po polovině 16. století byly klarisky vyhnány a objekt připadl zhruba na sedmdesát let dominikánům. Poté byly klarisky do rozpadajícího se kláštera násilně navráceny, ale zdevastované budovy doznaly pouze částečných barokních úprav. Klášter byl jako jeden z prvních, již v lednu 1782, zrušen. Poté se celý přeměnil na dílny, sklady a byty pro chudinu. Před demolicí v rámci "asanace Starého Města" ho zachránilo úsilí Jednoty pro obnovu kláštera blahoslavené Anežky. Od roku 1963 byl rekonstruován pro potřeby NG.

V autentickém prostředí prvního kláštera klarisek v Čechách, založeného pravděpodobně roku 1231 sv. Anežkou Českou, dcerou krále Přemysla Otakara I., je od listopadu roku 2000 zpřístupněna nově koncipovaná expozice středověkého a raně renesančního umění.

První část expozice v patře sleduje vývoj českého umění od deskových obrazů a sochařství poloviny 14. století (Mistr Vyšebrodského oltáře, Mistr Michelské madony) přes "měkký" sloh Mistra Theodorika k obrazům Mistra Třeboňského oltáře a dílům krásného slohu (Madona svatovítská, Sv. Petr ze Slivice, Varianta Krumlovské madony). Zatímco ve 14. století a v období kolem roku 1400 patřily Čechy a Praha k významným centrům evropského uměleckého dění, v 15. století naopak umělecké podněty spíše přijímaly (Mistr Svatojiřského oltáře, Mistr Puchnerovy archy, Mistr Litoměřického oltáře). Česká a moravská díla z 15. a počátku 16. století jsou v expozici nově konfrontována s tvorbou ostatních středoevropských oblastí, s nimiž Čechy v té době spojovaly těsné kulturní kontakty. Obraz Madony s dítětem od Mistra IW tak vede dialog s dílem stejného námětu od saského umělce Lucase Cranacha st. Významný Mistr žebráckého Oplakávání je zastoupen svým stěžejním dílem dokládajícím vysokou úroveň řezbářství v oblasti jižních Čech, zatímco vliv tzv. podunajské školy (v expozici např. obraz Albrechta Altdorfera) se odráží v tvorbě Mistra IP.