Zemědělské muzeum vzniklo v roce 1891 na popud pořadatelů Jubilejní výstavy v Praze. Základ sbírek muzea tvořily předměty vystavené na Jubilejní výstavě v r. 1891 a na Národopisné výstavě v r. 1895. Zemědělské muzeum bylo tehdy součástí Národopisného muzea, samostatnou institucí se Zemědělské muzeum stalo v roce 1918.

Zemědělské muzeum sídlilo krátce v paláci Sylva-Tarrouca v ulici Na Příkopě Praze, od roku 1902 do roku 1938 v tzv. jízdárně v letohrádku Kinských na Smíchově. Muzeum se od samého počátku potýkalo s nedostatkem prostoru, přestože časem vznikly ještě pobočky v Brně a Opavě, proto v polovině třicátých let 20. století vzniklo úsilí na výstavbu nové budovy v Praze na Letné. Tato budova, která je dnes významnou památkou českého funkcionalismu, byla postavena v letech 1937 - 1939 jako společný projekt s budovou Národního technického muzea podle projektu architekta M. Babušky.

Těsně po dostavbě byla však zabrána německou okupační armádou. Po válce byla sice budova navrácena muzejním účelům, ale již v roce 1950 byla budova rozhodnutím Státní dislokační komise dočasně uvolněna pro potřeby nově vzniklých projekčních organizací a muzeum bylo přestěhováno do části zámku Konopiště a do zámku Kačina u Kutné Hory.

Zámek Ohrada Ze zámku Konopiště počátkem 60. let 20. století muzeum přesunulo své sbírky na lovecký zámek Ohrada u Hluboké nad Vltavou a ve stejné době získalo do pronájmu i část prostor na zámku Lednice na jižní Moravě.

Areál v ČáslaviNa přelomu 80. a 90. let získalo muzeum další výstavní a depozitní prostory ve Zdechovicích, Valticích a na Janově hradě. V roce 2001 byly vyklizeny prostory v Lednici, v letech 2002 - 2003 proběhlo stěhování sbírek ze Zdechovic do areálu v Čáslavi, který je pro veřejnost otevřen od roku 2004.

Do své původní budovy v Praze se Zemědělské muzeum vrátilo až roku 1994 a ihned zahájilo její postupnou dlouhodobou stavební rehabilitaci. Dlouholetá časová pauza znamenala ztrátu kontinuity u pražské veřejnosti. V dnešní době muzeum usiluje o navázání na tradice z doby první republiky, kdy se tehdy účastnilo řady významných celostátních výstav a kdy muzejní expozice byly početně navštěvovány. Zemědělské muzeum v té době pevně zakotvilo v povědomí kulturní veřejnosti a podílelo se i na spolupráci se zemědělskými muzei v Evropě, jako nedílná součást jejich sítě.

Jednotlivé pobočky Národního zemědělského muzea Praha jsou zaměřeny tak, aby svou vědecko-výzkumnou, akviziční a prezentační činností pokrývaly obor zemědělství a příslušné obory v celé jejich šíři. 

NZM Praha 
* budova v Praze 7 - Letná
* ústředí muzea
* pobočka NZM Praha (muzejní archiv, fotoarchiv, potravinářství, krajina; expozice : potravinářství, krátkodobé výstavy, přednášky) 

NZM Kačina - Muzeum českého venkova 
* zámek Kačina 
* muzejní knihovna 
* rostlinná a živočišná výroba, venkovská řemesla, život venkovského lidu 

NZM Čáslav - Muzeum zemědělské techniky 
* zemědělská technika a stroje 

NZM Ohrada - Muzeum lesnictví, myslivosti a rybářství
* lovecký zámek Ohrada 
* lesnictví, myslivost a rybářství 

NZM Valtice - Muzeum zahradnictví a životního prostředí 
* zahradnictví, vinařství a květinářství